In 1528 werd de bisschop van Utrecht als landsheer opgevolgd door Karel V. Dat
bracht ingrijpende staatkundige veranderingen met zich mee. Want omdat Karel
V niet zelf overal in zijn grote rijk kon zijn, liet hij zich vervangen door
een stadhouder. De stadhouder voor Overijssel was ook stadhouder over Friesland,
Groningen en Drenthe. Geleidelijk liet deze stadhouder zich steeds minder adviseren
door de Staten van Overijssel, waarin Zwolle een belangrijke rol speelde. Bezwaren
hiertegen konden de statenleden naar voren brengen in 1549 toen Philips II als
opvolger van Karel V werd ingehuldigd. Ook Zwolle liet Philips II toen de privileges
van de stad bezweren. Maar zodra Philips in 1555 landsheer was geworden stelde
hij nieuwe adviesraden in die geschoold waren in het Romeinse recht dat de vorst
absolute macht toekende. Daarop ging hij om zichzelf financieel onafhankelijk
te maken vaste belastingen hffen in plaats van de toen gebruikelijke bede, een
bidden, een verzoek om geld. Want pas mete die financiele onafhankelijkheid
werd het absolutisme mogelijk. Om bij voorbaat het verzet daartegen van de adel
en van de steden te breken kwam er in Deventer een bisschop te zetelen. Hij
kreeg namens de eerste stand zitting in de Staten, naast de adel als tweede
stand en de drie steden als de derde stand. Vooral met de drie steden, die zich
hiertegen het meest verzetten, kreeg stadhouder Aremberg het moeilijk. Maar
toen Lodewijk van Nassau in 1568 Groningen binnenviel vanuit Duitsland, moest
hij daar tegen optrekken en hij kwam om bij Heiligerlee. Kort daarna brak na
de inname van Den Briel op 1 april 1572 de opstand in Holland uit. De ene na
de andere stad verklaarde zich voor Willem van Oranje en tegen Philips II. Willem
van Oranje, die in 1568 naar zijn voorvaderlijk slot de Dillenburg gevlucht
was, keerde via Zwolle naar Holland terug. Het was trouwens de tweede keer dat
hij in Zwolle kwam. Al in 1545, één jaar nadat hij prins van Oranje was geworden,
kwam hij namelijk, als twaalfjarige page in het gevolg van Karel V mee naar
Zwolle. Willem van Oranje zag in 1572 niet veel in de Hollandse opstand, want
hij schreef toen dat hij er heen ging om er zijn graf te vinden. Maar dat viel
mee. Na de dood van de landvoogd Requesens sloegen de al lang niet meer betaalde
Spaanse troepen aan het muiten. Zij probeerden zich in de zuidelijke , toen
de rijkste gewesten, schadeloos te stellen. Deze riepen daarop de Geuzen te
hulp. De handen werden nu ineengeslagen om de gehate Spaanse troepen te verdrijven.
Holland en de overige gewesten die samen de zeventien Nederlanden vormden, sloten
daartoe in 1576 de Pacificatie van Gent. Als gevolg daarvan kwam Willem van
den Bergh, een zwager van Willem van Oranje, naar Zwolle om orde op zaken te
stellen. Maar nog voor hij iets had kunnen doen kwam Alva in Zwolle aan. Heel
vernederend, als dienstmeid verkleed, moest Van den Bergh op een mestwagen vluchten.
Zwolle kreeg toen Rennenberg als stadhouder in plaats van Barlaymont, wiens
vader in 1566 bij het aanbieden het het smeekschrift van de edelen de partijnaam
Geuzen had bedacht, wat oorspronkelijk "bedelaars" betekende en een
scheldnaam was. Rennenberg had eerst wel ingestemd met de in 1579 gesloten Unie
van Utrecht. Maar toen de onderhandelingen met Philips II in Keulen niet tot
resultaten leidden, gaf hij als Rooms Katholiek edelman, afkomstig uit Henegouwen,
toch de voorkeur aan de Unie van Atrecht. Deze was gesloten tussen de Spaansgezinde
landvoogd Parma en Artois en Henegouwen. Rennenberg hoopte de noordelijke gewesten
in handen van Philips II te kunnen spelen. In Zwolle werd dit verhinderd door
Lubert Ulger die in 1580 een opstand ontketende. Onder zijn leiding werden op
15 juni van dat jaar de katholieken en de Spaanse troepen bij een straatgevecht
in de Diezerstraat verslagen. Kort daarna, in augustus, kwam Willem van Oranje
opnieuw naar Zwolle om orde op zaken te stellen. En ook in augustus van de jaren
1582 en 1583 was hij gast van het Zwolse gemeentebestuur. Intussen was de staatkundige
situatie wel ingrijpend veranderd. De Akte van Verlatinghe van 1581 had Philips
II als souverein vervallen verklaard en de Staten van elk gewest waren nu zelf
souverein geworden. De stadhouder kwam daarmee in dienst van de Staten in plaats
van in dienst van de landsheer. Stadhouder voor Overijssel en daarmee ook voor
Zwolle werd in 1590 prins Maurits, de zoon van Willem van Oranje. Na zijn overlijden
in 1625 werd hij opgevolgd door Frederik Hendrik. In 1630 werd het stadhouderschap
in mannelijke lijn erfelijk verklaard. Dat betekende dat Frederik Hendrik bij
zijn dood in 1647 werd opgevolgd door zijn zoon Willem II. Met diens overlijden
in 1650 brak voor Overijssel het eerste stadhouderloze tijdperk aan, dat tot
1672 duurde. In dat jaar werd Willem III stadhouder. Hij kreeg meteen te kampen
met de bisschop van Munster, Bernard van Galen, bijgenaamd Bommen Berend die
als bondgenoot van Engeland en van Lodewijk XIV van Frankrijk, Oost-Nederland
binnenviel. Deze oorlog werd door de Nederlanden gewonnen, maar ook omdat Zwolle
nogal een slappe houding had aangenomen, vaardigde Willem III in 1675 de zogenaamde
regeringsreglementen uit. Daardoor kon het Zwolse stadsbestuur zichzelf niet
langer aanvullen. Voortaan mocht de stadhouder de in zijn ogen meest geschikte
kandidaat voor het stadsbestuur kiezen uit een voordracht van twee personen.
Dat bleef zo tot de dood van koning-stadhouder Willem III in 1702, waarmee een
nieuw stadhouderloos tijdperk aanbrak, dat eindigde in 1748 met de verheffing
van Willem IV tot stadhouder. Een van de meest in het oog springende uitingen
van onderdanigheid van Zwolle tegenover de door de regeringsreglementen zo machtige
Oranjes was wel de luisterrijke ontvangst die de stad in 1766 bereidde aan Willem
V.